Управни одбор је орган ЈУ Агенцијe за акредитацију високошколских установа Републике Српске, који управља радом Агенције. Управни одбор има пет чланова. Четири члана именује и разрјешава Влада Републике Српске, након спроведеног конкурса јавне конкуренције, док се члан Управног одбора из реда студената именује на приједлог Уније студената Републике Српске. Предсједник и чланови Управног одбора именују се на период од четири године, с могућношћу једног реизбора, изузев представника студената чији мандат траје једну годину.
Надлежности Управног одбора Агенције:
- доноси Статут Агенције
- доноси Годишњи програм рада и Финансијски план Агенције и одлучује о измјенама истих по указаним потребама
- одлучује о пословању Агенције, разматра и усваја Извјештај о пословању и годишњи обрачун Агенције
- доноси Правилник о унутрашњој систематизацији радних мјеста Агенције
- доноси опште акте и документе којима се регулише поступак акредитације у складу са важећим међународним и домаћим прописима и стандардима
- доноси друге опште и појединачне акте везане за остваривање циљева и задатака Агенције и обезбјеђује законитост рада Агенције у складу са законом и Статутом
- именује сталне и привремене комисије и друга тијела
- врши и друге послове утврђене законом, актом о оснивању и Статутом
