Управни одбор је орган Агенцијe за високо образовање Републике Српске, који управља радом Агенције. Управни одбор има пет чланова, три члана из реда академске заједнице, једног из привреде и праксе и једног студента. Четири члана именује и разрјешава Влада Републике Српске, након спроведеног конкурса јавне конкуренције, док се члан Управног одбора из реда студената именује на приједлог Уније студената Републике Српске. Предсједник и чланови Управног одбора именују се на период од четири године, с могућношћу једног реизбора, изузев представника студената чији мандат траје једну годину.
Надлежности Управног одбора Агенције:
- доноси Статут Агенције
- доноси друге акте у складу са законом и Статутом Агенције
- усваја извјештаје које директор доставља у складу са законом
- усваја годишњи план рада и финансијски план Агенције
- усваја Извјештај о раду и Финансијски извјештај Агенције
- предлаже стандарде за почетну акредитацију високошколских установа и студијских
- програма у Републици
- предлаже стандарде за акредитацију високошколских установа и студијских програма у Републици Српској
- усваја Листу стручњака за оцјењивање и ревизију квалитета и давање препорука о акредитацији високошколских установа, односно студијских програма у складу са законом
- усваја Листу рецензената за почетну акредитацију и за рецензију студијских програм
- именује чланове Акредитацијског вијећа
- врши и друге послове утврђене законом, актом о оснивању и Статутом
